亲子鉴定主要通过以下几个方面来判断性别：

1. 遗传基因

性别是由遗传基因决定的，每个人体细胞都有23对染色体，其中有一对是性染色体。男性有一个X染色体和一个Y染色体，女性则有两个X染色体。在受精时，父亲会将一个X染色体或者Y染色体传给子女。通过亲子鉴定，可以分析出父亲和孩子的遗传基因，从而判断孩子的性别。

2. 羊水或血液分析

在孕妇怀孕期间，孩子的羊水中或者血液中会含有一定的胎儿遗传物质。通过采集孕妇的羊水或者血液样本，经过鉴定实验室的测试和分析，可以获得孩子的遗传信息，进而判断其性别。

3. B超检测

B超是一种常用的孕妇产前检查方法，它使用了超声波技术，可以清晰地观察胎儿的发育情况。通过B超检测，医生可以看到孩子的生殖器官，进而判断性别。通常在孕妇怀孕20周左右，利用B超可以比较准确地判断出胎儿的性别。

4. 试管婴儿胚胎遗传学诊断

试管婴儿胚胎遗传学诊断是一种辅助生殖技术，在试管婴儿的胚胎培养过程中，可以提取胚胎细胞进行遗传学分析。通过对胚胎遗传学的研究，可以确定胚胎的性别。

总结：

亲子鉴定通过遗传基因、羊水或血液分析、B超检测和试管婴儿胚胎遗传学诊断等方法，来判断性别。这些方法各有其特点和适用范围，在实际应用中需要根据具体情况选择合适的方法进行亲子鉴定。这些技术的发展使得亲子鉴定更加准确和可靠，为家庭提供了更多的选择和保障。